Cristina Boian a început handbalul la vârsta de 13 ani în oraşul natal, Bistriţa, la LPS Bistriţa. Cu echipa de junioare de la Bistriţa a cucerit titlul de vicecampioană naţională a României la categoria de vârstă Junioare 1. Pentru Cristina, Centrul Naţional de Excelenţă de la Râmnicu Vâlcea a fost rampa de lansare către naţionalele de junioare şi tineret ale României.
În 2003, handbalista a semnat cu U Cluj, unde a petrecut 7 sezoane, toate la nivelul primei ligi din România. În 2018 a participat la Trofeul Carpaţi, în lotul B al României şi la turneul amical din Franţa, în lotul A al României. În 2020, Cristina a trecut la CS Dacia Mioveni, unde a petrecut două sezoane, ambele în Liga Florilor, în perioada 2020-2022. Sezonul 2022-2023 l-a petrecut la CSM Târgu Jiu.