Ordonanța de Urgență adoptată de Guvern, prin care funcția de prefect redevine una politică, prevede și reintroducerea în organigramă a unui post de conducere.
La nivelul Prefecturii se înfiinţează funcţia de secretar general al instituţiei prefectului, care este înalt funcţionar public şi se subordonează nemijlocit prefectului.
Înaltul funcționar public sprijină activitatea prefectului în exercitarea controlului de legalitate și coordonează structura de specialitate prin care se realizează aceste atribuții. Mai mult, spre deosebire de prefecți și subprefecți, pentru secretarii generali ai instituției prefectului sunt introduse condiții exprese de studii.
Secretarul general al instituţiei prefectului este absolvent de studii superioare juridice, administrative sau științe politice.
Secretarul general al instituţiei prefectului asigură conducerea operativă a instituției prefectului, precum și stabilitatea funcţionării acesteia, continuitatea conducerii şi realizarea legăturilor funcţionale între compartimentele instituţiei.
Atribuţiile secretarului general al instituţiei prefectului se stabilesc prin hotărâre a Guvernului la propunerea ministerului care coordonează instituția prefectului, cu avizul ministerului cu atribuții în domeniul administrației publice.
În fiecare judeţ, funcţionează un colegiu prefectural compus din prefect, subprefect, secretarul general al instituţiei prefectului şi conducătorii serviciilor publice deconcentrate ale ministerelor şi ale celorlalte organe ale administraţiei publice centrale, care sunt organizate sau au sediul în judeţul respectiv sau în municipiul Bucureşti.
Ordinele prefectului sunt contrasemnate de către secretarul general al instituţiei prefectului. În cazul în care, funcția publică de secretar general al instituţiei prefectului nu este ocupată prin niciuna dintre modalitățile prevăzute de lege, contrasemnarea ordinelor prefectului se realizează de către conducătorul compartimentului juridic din instituția prefectului.
Acest tip de organizare a mai existat și pe vremea Guvernării PSD a lui Adrian Năstase.
Însă, începând cu anul 2006, funcția de secretar al Prefecturii devenea funcție de subprefect. Se întâmpla în timpul guvernării lui Călin Popescu Tăriceanu.
